Bintang jasa dan tanda kehormatan yang diberikan kepada Prof KH. Saifuddin Zuhri atas jasa-jasa yang luar biasa kepada bangsa dan negara adalah sebagai berikut:
- Bintang Gerilya, No. 0006/V/65, SK Presiden RI No. 2/BTK/Th 1965, 4 Januari 1965, oleh Presiden/Panglima Tertinggi Angkatan Bersendjata Republik Indonesia, Sukarno.
- Satyalancana Peristiwa Perang Kemerdekaan Kesatu, No.M/B/217/64/ A-4-11-1964,oleh Menteri Koordinator Pertahanan Keamanan/Kepala Staf Angkatan Bersenjata RI, Djenderal TNI Dr. A.H. Nasution.
- Satyalancana Peristiwa Perang Kemerdekaan Kedua No. M/B/217/64/ B-4-11-1964 oleh Menteri Koordinator Pertahahan Keamanan/Kepala Staf Angkatan Bersenjata RI, Djenderal TNI Dr. A.H. Nasution.
- Satyalancana Gerakan Operasi Militer I, No. M/B/217/64, oleh Menteri Koordinator Pertahanan Keamanan/Kepala Staf Angkatan Bersenjata RI, Djenderal TNI Dr. A.H. Nasution.
- Satyalancana Gerakan Operasi Militer V, No. M/B/217/64, oleh Menteri Koordinator Pertahanan Keamanan/Kepala Staf Angkatan Bersenjata RI, Djenderal TNI Dr. A.H. Nasution.
- Satyalancana Gerakan Operasi Militer VI, No. M/B/217/64, oleh Menteri Koordinator Pertahanan Keamanan/Kepala Staf Angkatan Bersenjata RI, Djenderal TNI Dr. A.H. Nasution.
- Bintang Equitem Commendatorem Ordinis Sancti Silvestri Papae dari Sri Paus di Vatican, Roma, Tahun 1965.
- Piagam Penghargaan Palang Merah Indonesia, No. 01364, 17 September 1972, oleh PB PMI.
- Penghargaan Buku Utama kategori Buku Bacaan Dewasa bidang Humaniora atas buku berjudul Berangkat dari Pesantren (Penerbit Gunung Agung, Jakarta, 1987), pada 3 Oktober 1989, oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Prof. Dr. Fuad Hasan.
- Tanda Kehormatan Bintang Mahaputera Adipradana, No. 3877/II/ 1998, 6 November 1998, oleh Presiden RI, B.J. Habibie.
- Penghargaan sebagai tokoh nasional penerima Bintang Keteladanan Akhlak Mulia Tahun 2007 oleh Komite Pusat Gerakan Masyarakat Peduli Akhlak Mulia. ♣